皇马击败马竞赢得欧冠冠军后，下赛季的欧冠种子队也随之产生。2016-17赛季的欧冠小组赛分档规则跟2015-16赛季的一样，下赛季欧冠的八支球队将由欧冠冠军+欧足联积分前七名联赛的冠军组成，其他球队则按照俱乐部的欧足联积分排名。
西甲方面，欧冠冠军皇马与西甲冠军巴萨将成为种子队，欧冠亚军马竞跟欧联杯冠军塞维利亚将进入第二档球队，获得欧冠资格赛的比利亚雷亚尔，如果能打进欧冠小组赛，他们将成为第三档的球队。
种子队方面，除了皇马跟巴萨之外，还有德甲冠军拜仁、葡超冠军本菲卡、法甲冠军巴黎圣日耳曼、意甲冠军尤文图斯、英超冠军莱斯特城、俄超冠军莫斯科中央陆军。
其他小组可能的分档情况：
第二档球队：马竞、多特蒙德、阿森纳、曼城（资格赛晋级的话）、塞维利亚、波尔图（资格赛晋级的话）、那不勒斯、勒沃库森。
第三档球队：巴塞尔、顿涅兹克矿工、热刺、奥利匹亚科斯（资格赛晋级的话）、基辅迪纳摩、里昂、比利亚雷亚尔（资格赛晋级的话）、阿贾克斯（资格赛晋级的话）
第四档球队：埃因霍温、里斯本竞技、比尔森胜利（资格赛晋级的话）、布鲁日、萨尔茨堡红牛（资格赛晋级的话）、凯尔特人（资格赛晋级的话）、希腊人竞技（资格赛晋级的话）、贝西克塔斯
